Một số các trường hợp cần phải vận chuyển chất thải từ trại chăn nuôi nhờ nắp tank inox vi sinh như khi chất thải chăn nuôi được sử dụng để bón cho cây trồng hay các mục đích khác hoặc là tại cơ sở chăn nuôi không có điều kiện xây dựng hệ thống xử lý chất thải có nắp bồn chứa inox vi sinh, phải vận chuyển đến nơi khác xử lý. Có hai phương thức vận chuyển chất thải chăn nuôi:
Tách riêng phân và nước thải: phân lỏng và nước thải được vận chuyển từ trong chuồng trại hoặc hồ chứa phân - nước thải đến hệ thống xử lý. Trong trường hợp xe chuyên chở phân lỏng thì thùng chứa phải bằng vật liệu bền như van inox vi sinh HONTO , có nắp đậy kín là nắp bồn inox vi sinh, không rò rỉ hoặc chảy tràn trên đường vận chuyển.

Tách riêng phân và nước thải: phân rắn cần được vận chuyển từ trong chuồng trại hoặc bãi chứa phân đén hệ thống xử lý, trường hợp vận chuyển đi xa, phải có xe và thùng chứa chuyên dùng. Nước rửa chuồng theo mương và ống dẫn đến hồ lắng nước thải rồi vào hệ thống xử lý để làm giảm mức độ ô nhiễm môi trường trước khi xả ra ngoài.
Lưu trữ chất thải:
Mục đích của việc lưu trữ là để ổn định thành phần dinh dưỡng trong phân và giảm lượng vi sinh vật truyền bệnh. Cấu trúc thiết bị lưu trữ và thời gian lưu trữ ảnh hưởng đến thay đổi thành phần của phân. Tuỳ theo loại phân , quy mô chăn nuôi và mục đích sử dụng chất thải qua nắp tank inox vi sinh của từng nơi mà thiết bị lưu trữ cũng như thời gian lưu trữ khác nhau.
Thông thường nơi lưu trữ phân là hồ chứa dùng cửa bồn inox vi sinh và lắng hoặc bãi chứa phân. Cần lưu ý nơi lưu trữ phân thường nên cách biệt với chuồng trại chăn nuôi và xa nhà ở để không bị ảnh hưởng đến sức khoẻ của gia súc và phải đậy kín bằng cửa tank inox vi sinh .